洪承畴主张决一死战，而各总兵官主张南撤，最后集议背山突围。最后十数万人土崩瓦解。崇祯十五年（1642年）一月，洪承畴听说朝廷援军赶到，又派6000人城夜袭，被清军战败。松山一直被围困了半年之久，城中粮殆尽，松山副将夏承德叩请清军，愿拿儿夏舒人质约降。

崇祯十二年（1639年）初，洪承畴调任蓟辽总督，领陕西兵东来，与山海关科、宁远吴三桂两镇合兵。锦州有松山、杏山、塔山三城，相为犄角。

三月，皇太极发大兵采取长期围困锦州的方针，势在必克。洪承畴主张徐徐近锦州，步步立营，且战且守，勿轻狼战。但兵尚书陈新甲促战，在崇祯皇帝也希望持重的情况下，采取了速战速决的方针。八月，皇太极得知明援兵已到，便亲率大军从盛京赶来赴援，驻扎在松山、杏山之间，署在明军的南面，济尔哈朗军攻锦州外城，截断松、杏间明军的联系，切断明军粮，断绝洪承畴归路。

崇祯十年（1637年），朱由检再命熊文灿为五省总督，增派禁军1200人，组织新的围剿。李自成军四川，一度破城十余座，并攻克甘肃的宁州、羌州，七盘关，但在崇祯十一年（1638年）返陕时，在洮河一带遭洪承畴及孙传军袭击，败走岷州。与此同时，张献忠在南亦为左良玉军击败，负伤退谷城。熊文灿遂改围剿为招抚。刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才先后降明或就抚。李自成率残活动于川陕边境山区。

此时，清军边，破昌平等16城，朱由检急调卢象升率军驰援，中原压力减轻。张献忠乘机复起，联合罗汝才等20余万人，沿江东，分散活动于蕲州、霍山一带。

崇祯十四年（1641年），为挽救辽东危局，明廷遣洪承畴率宣府总兵杨国、大同总兵王朴、密云总兵唐通、蓟州总兵白广恩、玉田总兵曹变蛟、山海关总兵科、前屯卫总兵王廷臣、宁远总兵吴三桂等所谓八总兵兵，领锐十三万、四万来援，集结宁远，与清兵会战。

准备对起义军实行大规模的军事围剿。农民军见势不妙，分路奔还陕西，张献忠也劫掠凤翔，与迎祥汇合，明朝副将艾万年、柳国镇战死。曹文诏由宁州剿匪，其参将曹变蛟败农民军于湫镇，乘胜追击遇伏，洪承畴救援不及，曹文诏自杀而死。洪承畴统辖太广，难以兼顾，于是以卢象升总理江北、河南、山陕、川湖军务，理关外明军，而洪承畴专关内兵。

洪承畴绝数日，拒不肯降。皇太极派所有能动用的人前去劝降，均被大骂而回。皇太极仍不放弃，特命最受信的吏尚书范文程前去劝降，看他是否果有宁死不屈的决心。范文程至，洪承畴则大肆咆哮，而范文程百般忍耐，不提招降之事，与他谈古论今，同时悄悄地察言观。

崇祯十三年（1640年）冬，清军攻锦州及宁远，洪承畴派兵援，败于塔山、杏山。

谈话之间，梁上落下来一块灰尘，掉在洪承畴的衣服上。洪承畴一面说话，一面“屡拂拭之”范文程不动声，告辞来，回奏太宗：“承畴不死矣。承畴对敝袍犹惜若此，况其耶？”皇太极接受了范文程、张存仁等的专业意见，对洪承畴备加关照，恩遇礼厚。隔日（五月四日），皇太极亲临太庙，洪承畴立而不

崇祯十一年（1638年）九月，清军两路南下，京师戒严。两面受敌的明朝不得不从西线把主帅洪承畴调来，与孙传率军卫。是年秋，皇太极领兵攻占义州，以此为基地，展开对锦州的围攻战。崇祯帝也极力加对山海关和锦州的防守。

三月，清军应邀夜攻，松山城破，洪承畴、巡抚邱民仰被俘，总兵曹变蛟等将领被杀。洪承畴被俘后，锦州守将祖大寿，便走内城，率众降。塔山、杏山也相继落清军之手，明军的锦宁防线，实际上已不复存在。

崇祯十二年（1639年）十月，陕西最后一“贼军”李自成在窜途中，被洪承畴令总兵科、左光先领兵截击。李自成回师转东，洪承畴又令曹变蛟潼关设伏邀击，李自成大败，仅余18骑走陕南商洛山中，农民起义陷低。